拥有12个王牌专业，也被称为上海交通大学的顶级专业，其中，有7个工科类专业：机械工程、控制科学与工程、船舶与海洋工程、材料科学与工程、信息与通信工程、动力工程及工程热物理和生物医学工程；

3个医学类专业：临床医学、口腔医学、基础医学；2个理学类专业：科学技术史、生物学。