吉林大学最好的专业包括考古学，数学，物理学，化学，材料科学与工程。这几个都进入了双一流世界一流学科建设名单，国内排名很靠前。另外吉林大学的机械工程、地质资源与地质工程是国家重点一级学科，也很强。他的临床医学和兽医学也是国内一流水平的。

考古学（和北大并列第一），工程机械（汽车），数学（全国前十），化学（全国前五），物理学，医学，法学，数量经济，地质（全国第二），计算机，哲学。