填报指挥专业不合格确实存在掉档的风险。这主要是因为指挥类专业对身体条件、专业成绩等方面有较高要求。如果考生在这些方面不符合要求，或者总分未达到专业线且不服从调剂，就可能会被退档。

因此，考生在填报志愿时，需要充分了解所报专业的具体要求，合理评估自己的实力和条件，谨慎选择是否服从调剂，以避免因不符合要求而被退档的风险。