酶工程和基因工程在原理和应用上有着重要的区别。酶工程是利用酶的催化作用，通过工程手段将原料转化为所需产品的一种技术。而基因工程则是通过改变生物体的基因组，来改变生物体的性状。因此，两者的应用方向和技术手段都有所不同。

在应用上，酶工程可以用于生产生物肥料、生物农药、食品加工等领域，而基因工程则更多地应用于医疗、农业和工业等领域。

酶工程是产生酶的这种物质的工程，重点在酶，基因工程指的是合成不同基因的工程，合成的某些基因可以产生酶，应用于酶工程