海龟用肺呼吸，但胸部不能活动，是一种吞气式的呼吸方式，因此海龟每隔一段时间需将头伸出海面呼吸。

另海龟有一对肛囊，这是海龟的辅助呼吸器官，长时间在水下生活时需依靠肛囊来摄取海水中的氧气。