自然界中二氧化碳与碳酸盐通过植物的光和作用形成含碳有机物。

含碳有机物在食物链中传递经生物体呼吸作用、微生物的分解作用、化石燃料的燃烧，含碳有机物形成二氧化碳进入大气再次循环。因此碳元素在生物群落中的主要传递形式是有机物，而在生物群落与无机环境之间则是二氧化碳、硫酸盐、硫化物，结合到蛋白质中。