专用发票1000元和普通发票1000元的区别:

一是专用发票与普通发票的税率不同。一般专用发票税率为6%，9%和13%等，而普通发票的税率一般为3%。

二是开具的单位不同，专用发票是有一般纳税人企业开具的，普通发票是有小规横纳税人开具的。

三是收到专用发票的一般纳税人可以扣除进项税，收到普通发票就没有扣税。

专票可以抵扣税款，普票不能抵扣得全额入账。