波密县受印度洋海洋性西南季风影响，印度洋暖湿气流沿雅鲁藏布江，进入帕隆藏布河和易贡藏布河，抵达念青唐古拉山脉南麓，因此，海拔2700米以下属亚热带气候带，2700－4200米属高原温暖半湿润气候，4200米以上属高原冷湿寒湿带，年日照时间1563小时，年均温度8.5度，年无霜期176天，>10度积温为2269度，年均降水量977毫米。