菜鸟驿站被投诉后扣分有影响。菜鸟驿站被投诉后会导致信誉度下降名誉受损，而信誉度名誉恰恰是运营菜鸟驿站很重要的环节，信誉度名誉不够对扣分是有影响的。

菜鸟驿站被投诉后被扣分有影响的，店铺评分低有可能被物流管理约谈整改，严重的话还会影响驿站的收益，多被投诉几次驿站就很难经营下去了。