甲基蓝可用于麻、蚕丝织物、纸张的染色和竹、木的着色。

还可用于制造墨水和色淀及生物、细菌组织的染色等方面。甲基蓝可与碱性紫5BN和黄糊精以78：13：9的比例拼混成碱性品蓝，对于一氧化碳轻微中毒者可静脉注射亚甲基蓝进行解毒。