对金额1000万元合同的公章进行司法鉴定的，鉴定标的不是1000万而是合同中所盖的公章。如果需要对合同中所盖的公章的真伪或其它原因，需要对该公章进行鉴定的，鉴定标的就是合同中的公章，与具体的合同金额无关。作为鉴定机构，应该按照鉴定公章的内容而不应该按合同标的金额来收取鉴定费用。