清江浦本是水名。京杭大运河介于长江和淮河之间的河段，又称里运河。里运河流进淮安清浦区的一段为清江浦。

春秋时期，吴国开凿了连接长江、淮水的邗沟。

隋炀帝时，连接黄河与淮河的通济渠挖通。至此黄河、淮河、长江三水相通。

北宋转运使乔维岳为了漕运方便，开辟了从末口到泗口的沙河，但至元末已是河床淤塞，闸坝湮废。

明永乐十三年（公元1415年），正是平江伯陈瑄任督运总兵官期间，他走访当地群众，寻找沙河故道并加以疏浚，改其名为清江浦。清江浦与古邗沟相通，共称里运河。

陈瑄还就河筑堤，建筑了新庄、福兴、清江、移风四道闸。后来新庄闸以下日渐淤塞，航不能行，于是在清江闸下游筑坝，称仁义坝（今水渡口）。

由于清江闸扼运河之咽喉，是跨运河的唯一陆上通道。而每年从江南运往北京的漕粮达400万石，必经清江浦转运京师。由于过往人员众多，昔日少有人烟的“闲旷之地”，很快变成了“侨民宿贾，巨室鳞次”的通商大埠，称清江浦镇。

清江浦在行政上原来属于淮安府山阳县（今淮安市淮安区）。

1760年，由于清河县县城（今淮阴区码头镇旧县村）毁于洪水。于是将清江浦一带由山阳县划归清河县，作为清河县的新县治。