公积金还贷是直接从账户扣除。

通常住房公积金账户内余额大于所需还款额时，从公积金账户内直接扣除。而账户余额不足以抵扣还款额时，需往公积金联名卡内存所需还款额。需要注意存入数额必须等于或大于本期还款数额，不能存入公积金不足的数额。

在办理了公积金贷款后，如果没有按时还款造成逾期，会严重影响个人的征信和信誉。购房人应该在还款日之前，就把自己的资金提前存入账户，不要等到还款当日再存钱，因为银行即便在还款日当天，也会对具体时间有要求，例如0点之前划款，如果购房人在1点之后才存入资金，那么银行划款时是没有资金的，就会被认定为逾期。

公积金还款日余额不足扣款未成功，用户可以通过手机APP或者是网银主动归还房贷。系统自动扣款失败后，用户可以进行主动还款，只要确保还款日当天还款资金到账，不管用户使用哪一种方式还款，银行都会视为用户按时还款。