农村自建房高度的计算方法是根据当地的规定和标准来确定的。一般来说，农村自建房的高度不应超过三层，每层的高度不应超过3米。如果需要建造更高的房屋，需要向当地的建设部门申请，并按照相关规定进行审批。在建造过程中，需要严格按照设计图纸和相关规定进行施工，确保房屋的安全和稳定性。

农村自建房高度从地平处到屋顶之间的长度，一般3.5米到3.8米之间。

农村自建房的高度是从正负零开始计算的。这个正负零是民建部门制订的，是为了确保农户在建房时有约束性，不论你家地面的高低多少，正负零是统一规范一个村落的坐落点，大家都是在水平线上否则无法控制住房的高度。正负零上面是墙面开始，下面是地基。