上海南站位于徐汇区西南部，距徐家汇城市副中心约5公里。

南站主站房和车站南北广场占地60公顷，东起柳州路，西至老沪闵路，北靠沪闵路，南抵石龙路。上海南站设计非常独特，从外观看好似一个飞碟南站的底楼是火车停靠站。一楼就是候车室，二楼是进站口，被设计成环行并包围整个候车室。