国家特色专业建设点：临床医学、电气工程及其自动化、英语、汉语言文学、预防医学

省级品牌专业：汉语言文学、电气工程及其自动化、临床医学、自动化、预防医学、生物科学

省级特色专业：机械工程及自动化、自动化、体育教育、英语、生物科学、预防医学、电子信息工程、医学影像学、思想政治教育、历史学、计算机科学与技术、教育学、物理学、通信工程

国家重点学科培育建设点：人体解剖与组织胚胎学

南通大学王牌专业有汉语言文学、小学教育、电子信息工程、电气工程及其自动化、非织造材料与工程、临床医学、护理学、机械工程、自动化、计算机科学与技术等，算是比较好的专业。