1、品种不同：黄耳龟又被称为黄头庙龟，它们属于地龟科，东方龟属的品种。黄头侧颈龟则是侧颈龟科，南美侧颈龟属。

2、分布地区不同：黄耳龟主要分布在泰国、柬埔寨、老挝、越南等东南亚的地区。黄头侧颈龟分布的范围比较广，在玻利维亚、巴西、圭亚那、秘鲁、苏里南、哥伦比亚、厄瓜多尔、法属圭亚那、委内瑞拉等地区都有分布。

3、习性不同：黄耳龟是典型的半水龟，它们有一定陆栖习惯，所以需要一个水陆两栖的环境才能正常生活。黄头侧颈龟是水龟，并且喜欢在深水中生活。虽然也需要晒台，但是不能在陆地上栖息。而且黄耳龟是有冬眠的习惯的，但是黄头侧颈龟的原产地气温比较高，它们是没有冬眠的习惯，在冬季时也可以正常的生长和活动。