政府或相关机构开始收费可能是因为以下原因之一：

1. 维护和管理成本上升。政府或机构可能需要投入更多的资源来维护和管理农机拖拉机证，例如培训机构工作人员、购买设备、开展宣传等。

2. 收费可以提供更好的服务。政府或机构可能会将收取的费用用于提供更好的服务，例如改善证书申请流程、加强证书管理和监管等。

3. 收费可以促进行业健康发展。政府或机构可能会通过收费来规范行业，例如加强对证书的审核和监管，减少非法证书的出现，从而促进行业健康发展。

需要强调的是，以上仅是一般情况，具体原因还需要了解当地政策和背景。