被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定：

1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。

【法律依据】

《刑事诉讼法》第十五条，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

(二)犯罪已过追诉时效期限的；

(三)经特赦令免除刑罚的；

(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；