细菌可以以无性或者遗传重组两种方式繁殖。

最主要的方式是以二分裂法这种无性繁殖的方式：一个细菌细胞细胞壁横向分裂，形成两个子代细胞。并且单个细胞也会通过如下几种方式发生遗传变异：突变，转化，转染，细菌接合。细菌可以通过这些方式获得基因，然后进行分裂，将重组的基因组传给后代。许多细菌都含有包含染色体外基因的质粒。