祖姓的起源与商代王族有直接关系。

在殷商历代国王的名字中，有祖字的便有祖乙、祖辛、祖丁、祖庚、祖甲、祖己等人，他们的后代中有人以他们的庙号为姓氏，姓祖。中宗祖乙是上述几位商王中最有作为的帝王，他任用巫贤为相，励精图治，使商朝复兴，所以今天的祖姓人多奉祖乙为始祖。此外，商朝开国君主商汤时有左相仲虺，仲虺的后代中有人名叫祖已、祖尹，二人的后世子孙也有人以祖为姓。