西江源头在上源南盘江，西江干流及其大支流于距今约1亿年前白垩纪燕山运动之后开始发育起来。

3000万年前第三纪喜马拉雅运动使云贵高原抬升，本地区内陆湖盆与西江水系的主要水道逐步连通，同时干流南盘江、红水河及其支流北盘江、柳江沿云贵高原斜坡侵蚀下切。