作废增值税专用发票最重要的是在开票系统里作废，在发票填开窗口里有发票作废一栏。

单点需要作废的发票，将其点成深色，再点击下面的作废按钮，这张发票在税务系统就作废了。再对纸质发票作废，这就是次要的了，如果单位有作废章，盖作废章看起来正规点，如果单位没有作废章，就直接用笔写在发票上，然后将作废的三联发票保管好，留单位备查即可。