在编教师年度考核会有不合格情况出现。

年度考核主要考核政治思想情况，工作能力情况，工作表现和业绩，廉洁自律情况等。如果有较为严重的问题或者受到党政纪处分，是不能给予合格的。因此，事业单位在编教师年度考核是存在不合格的情况的。