支付违约金的会计分录应该是：借记应付账款，贷记银行存款。

因为支付违约金是公司向供应商或客户支付的一种费用，属于应付账款的范畴，需要在借方记账。同时，支付违约金的资金来源应该是公司的银行账户，需要在贷方记账。这样，公司的财务状况就能够得到准确的反映，也方便了日后的财务管理和决策。

营业外支出

违约金与企业经营无关，需计入营业外支出。 借：营业外支出， 贷：银行存款/其他应付款。

1、合同已履行,支付合同违约金会计分录如下:借:库存商品 应缴税费-应交增值税(进项税额)贷:银行存款