亳州学院原名是亳州师范专科学校，最初在蒙城县，是由蒙城师范学校升级而成。

1952年，蒙城师范学校建立，2002年3月，升格为亳州师范专科学校，2011年，全部搬迁到亳州市，2016年3月独立升格为亳州学院。亳州学院成立时，就升格为本科学院，当年招生本科生。

2016年5月20日上午8点30分，在亳州师范高等专科学校西大门举行“亳州学院揭牌仪式”，亳州学院正式升级为二本学院。