合肥工业大学和江南大学在院校历史、地理位置、特色专业、优势学科、科研实力等各有优势，如果您倾向于工业和制造类学科，对未来就业方向期望在制造业或工程领域，可以选择合肥工业大学的相关专业。

如果您更倾向于食品、生物工程等相关学科，并希望在食品产业或生物技术领域发展，可以选择江南大学的相关专业。