南京市的儿童医疗保险报销比例是根据不同疾病情况而定的。

一般来说，门诊和住院治疗的报销比例是70%。门诊特殊病种的报销比例可达90%。对于在医保目录外的治疗项目或药品，由于不在政府的医保范围之内，是不予报销的。总体上，南京市的儿童医保报销比例相对较高，基本可以保障儿童在医疗方面的基本需求。