杭州大学历史悠久，前身是创建于1897年的求是书院和育英书院。

求是书院于1928年改名为国立浙江大学，其校训为“求是”。育英书院后演变为教会之江大学，其校训为“育英”。

1952年全国高等学校院系调整，浙江大学师范学院及文学院和理学院的一部分、之江大学文理学院与新中国成立后创办的浙江师范专科学校、俄文专科学校合并，成为浙江师范学院。

1958年11月26日浙江师范学院与新成立杭州大学合并，定名：杭州大学。其校训为：“求是育英”。一九九八年九月十五日，同根同源的原浙江大学、杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学四校合并，组成了新的浙江大学，四十六年来的四校分治宣告结束。杭州大学从此也结束了自己独立发展的历史进程。

杭州大学是此前浙江大学拆分出去的师范学院和文学院，理学院留在杭州部分成为浙江师范学院，后来有了现在的杭州大学。