预付备料款是未实行竣工工程结算办法和统一供料体制的地区，建设单位按照合同规定，预拨给承包工程的施工企业用于储备主要材料的资金，而预付账款是预付给供货单位的购货款或预付给施工单位的工程价款和材料款，通常是用商品、劳务或完工工程来清偿。

科目不同，性质也不同。

预付备料款是预付仅用于购买材料的款项。预付款是预付给对方单位的款项，可以是预付材料款，也可以是预付工程款等。