根据大多数学校的规定，如果学生未交清学费，学校有权扣留学生的档案，这是一种常见的惩罚措施。

学校通常会要求学生在毕业前清缴所有欠费，以确保学生能够顺利毕业并获得学位证书。因此，为了避免档案被扣留，学生应该按时缴纳学费并与学校保持良好的财务沟通。