有梅山路校区、翡翠路校区、东校区(在建)、巢湖校区、阜阳校区等5个校(院)区;校区不分专业,低年级学生在梅山路校区学习,高年级学生在各自临床医学院院区学习。

安徽医科大学现在有三个校区。分别是东湖湾校区，占地二百九十余亩；翠屏校区，占地一百五十余亩；龙泉校区，占地三百七十余亩。