学校前身是始建于1904年的云南蚕桑学堂。

新中国成立后更名为昆明农业技术学校，1958年分出成立云南省畜牧兽医学校。

1962年昆明农业技术学校更名为云南省农业学校。

2002年，经云南省人民政府批准，云南省农业学校和云南省畜牧兽医学校合并组建云南农业职业技术学院。

2018年，学校归口教育厅管理，云南省种畜、种禽、原种猪繁育推广中心成建制并入学校并在学校加挂云南省种畜繁育推广中心牌子。在119年的办学历史中，学校累计为社会输送了农业科技人才5万余人。

云南农业职业学院前身是云南农校，后来与农学院合并为云南农业技术学院，并扩大了学院面积迁到小哨，且也扩大了师资力量扩招了学生。