中科院在安徽有两个大单位：中国科学技术大学和中科院合肥分院现在称合肥物质研究院。

中国科学技术大学简称中科大，是国家原985现在双一流建设高校，以理科科为主的高水平大学，学校坚持小而精的办学路子，学校办学实力和科研水平在国内外都有很大影响。合肥物质研究院下辖三个研究所，固体物理研究所，等离子研究所，安徽光机所。等离子体所建设有世界最大托卡马克装置，人造小太阳世界领先。

中科院在安徽有中国科学院，安徽合肥分院，中国科学院科学岛机构，中国科学院。中国科技大学下属机构等几个段位