总账的初始设置主要是基础档案的设置，包括机构设置（部门档案，职员档案），往来单位，存货，会计科目，凭证类别，项目目录等。

系统正式启用不影响修改，但总账录入数据后，一些修改就要注意了，比如，银行存款，一开始没有设置明细，录入了数据，凭证，后来又另外开了户，有两个银行存款，要增加，就得注意了。还有一些科目要设置往来账的。