海南省农垦实验中学跟海南农垦中学的区别有:

1、地理位置不同，海南省农垦实验中学位于五指山市，海南农垦中学位于省会海口市。

2、社会口碑不同，海南农垦实验中学是省一级学校，海南农垦中学是省一级重点中学，海南农垦系统中最好的中学。

3、生源入口不同，虽然两所学校均在第一批录取，但是海南农垦中学每年的中招录取分数都比海南农垦实验中学高出100多分。

4、教学质量不同，海南农垦中学高考本科率比海南农垦实验中学高出10百分点以上。