自治区气象局包括:区局机关和二级单位局机关有:区局办公室、人事处、网监处、减灾处、计财处、监审处、人影办、法规处、党办、老干办。

二级单位有:气象台、信息中心、气候中心、科研所、装备中心、科技服务中心、生态与农业中心、防雷中心、国有资产、机关服务中心、培训中心。各二级单位还有许多科室。