南通最好的大学：南通大学。

根据查询南通市教育局信息显示，南通大学拥有一支师资力量雄厚的卓越团队，聘请了特级教师，正高级教师，国家级骨干教师，教学经验丰富，教学设备先进，学校环境宜人。南通的大学排名第一的是南通大学，排名第二的是南通理工学院，排名第三的是南通大学杏林学院。