单纯医学学科上言，「南京医科大学」还是要比「南京大学医学院」更具优势。

以教育部「第四轮学科评估」为例，南医大医学类上榜学科如下，其中「公共卫生与预防医学」是王牌学科，第二轮双一流战略中，入选一流学科建设名单。

南京医科大学临床专业排名全国前十，康复专业就业前景据说很好南京大学医学部据说实力不好，因而南京大学曾经试图将南医大合并进去。