康复医学院成立于2015年7月，前身为依托于第一临床医学院的康复中心及康复治疗学专业，最初为的中西医结合（康复治疗方向）本科，是全国较早举办康复治疗学本科培养的院校；2012年起，设置为康复治疗学专业（理学）,学制4年，历年就业率一直保持在97%以上；2020年1月批准为国家级一流本科专业建设点。

2018年开始招生中医康复学专业（医学），学制5年。现有三个硕士点：康复医学与理疗学、中医康复学和医学技术（康复治疗学方向）。

康复医学也是属于医科大学如上海中医药大学康复医学院。