细菌的数量是否多到数都数不清，时至今日学界仍没有统一的结论。

尽管有人估计地球上有1000 亿种微生物，海洋中有2000 万到10 亿种微生物，数量达到10的30次方个，占据海洋生物重量的一半以上，但目前，并没有什么好的办法来对细菌做个统计，因此，这个数字并不准确。实际上，依靠基因测序技术估计地球上的细菌只有数百万种。截至到2016 年，我们有效命名的细菌和古细菌数量超过13 000 个。即使不能培养，人们还是找到了不依赖培养的细菌分类或命名方法，这就是1980年实施的“细菌编码（bacteriological code）”国际规则。根据这个国际规则，清单中公布的有效原核生物种和属的数量分别从原来估计的30 000 个下降到约1800个和300个。自那时起，微生物分类学家每年只能分离描述几百个新物种。

目前世界上细菌已知种树为4760种，估计细菌种树为40000种。细菌按其外形分为三类：球菌、杆菌、螺形菌。球菌，呈圆球形或近似圆球形，有的呈矛头状或肾状。

单个球菌的直径约在0.8～1.2um左右。杆菌，各种杆菌的大小、长短、弯度、粗细差异较大。大多数杆菌中等大小长2～5um，宽0.3～1um。大的杆菌如炭疽杆菌(3～5um×1.0～1.3um),小的如野兔热杆菌(0.3～0.7um×0.2um)。菌体的形态多数呈直杆状，也有的菌体微弯。菌体两端多呈钝圆形，少数两端平齐如炭疽杆菌，也有两端尖细如梭杆菌或未端膨大呈棒状如白喉杆菌。排列一般分散存在，无一定排列形式，偶有成对或链状，个别呈特殊的排列如栅栏状或V、Y、L字样！

世界上的菌子多达6000余种，菌子是由菌丝体和子实体两部分组成，菌丝体是营养器官，子实体是繁殖器官。由成熟的孢子萌发成菌丝。菌丝为多细胞有横隔，借顶端生长而伸长。

菌丝互相缀合形成密集的群体，称为菌丝体。菌丝体腐生后，浓褐色的培养料变成淡褐色。菌子的子实体在成熟时很象一把撑开的小伞。