学校前身为始建于1983年的南京财贸学院；

1987年，更为南京审计学院；

1993年，学校升格为本科院校。

2000年，调整为江苏省与审计署合作共建、以江苏省管理为主；

2007年，学校以“优秀”等级通过教育部本科教学工作水平评估；

2009年，经国务院学位委员会批准，学校被列入新增硕士学位授权立项建设单位；

2011年，学校被国务院学位委员会批准成为全国首批审计硕士专业学位授权单位；

学校前身为中国人民银行华东区行银行学校（二部），后改建为苏州银行学校。而后苏州银行学校更名为江苏银行学校。

1985年江苏银行学校升格为南京金融专科学校。

1993年南京金融专科学校更名为南京金融高等专科学校。

2002年南京金融高等专科学校撤销，并入南京审计学院，改建为南京审计学院金融学院。原校址位于南京市浦口区城北路。