根据一般的合同约定和工程管理的实践，监理工程师应签证的工程款通常需要扣除质保金。

质保金是为了确保工程质量和后续维护的一种保障措施，一般约定为工程款的一定比例。监理工程师在签证过程中负责审核工程质量和验收，因此也应负责确保质保金的扣除。这样可以保证工程的质量和安全，并为业主提供后续维护的保障。因此，监理工程师应签证的工程款需要扣除质保金。