内蒙古自治区本科率最高的城市是呼和浩特市。

根据最新数据，呼和浩特市本科生占比为45.7%，居内蒙古自治区第一。呼和浩特市拥有多所高等院校，其中包括内蒙古大学、内蒙古农业大学等知名学府，这些学府的师资力量雄厚，教学设施先进，吸引了众多优秀学生前来就读。此外，呼和浩特市积极推进教育发展，注重教育投入，不断提高教育质量和水平，为本科率的提升奠定了坚实的基础。

内蒙古本科录取率最高的城市是鄂尔多斯。