南京交通科技学校有三个校区。

分别是南京市浦口区东大路2号（浦口校区），南京市江宁区湖熟润湖大道401号（湖熟校区和江宁校区）。南京交通科技学校建筑面积8万多平方米，校园环境优雅，教学设施先进，洋溢着浓郁的学习氛围和现代化气息。