有区别的：水利学科是水利方面的大类，水利工程只是水利学科的一个方面，水利学科还包含水利工程管理、水资源开发与利用、水资源开发与管理、水利电力工程等等。

区别在于指向不同，意思不同等，水利学科是指大学中水利学科，或者水利专业，而水利工程是指水利工程项目，比如南水北调工程，二者有关系有区别