南京工业大学最强的学科主要有：化学工程与技术、材料科学与工程、轻工技术与工程、安全科学与工程。

其中江苏省重点学科有生物化工、工业催化、材料物理与化学、材料学、岩土工程、安全技术及工程、发酵工程、化工过程机械。建有一个材料化学工程国家重点实验室。