2000年6月23日，国务院批准，撤销菏泽地区和县级菏泽市，设立地级菏泽市。

菏泽市设立牡丹区，以原县级菏泽市的行政区域为牡丹区的行政区域。菏泽市辖原菏泽地区的鄄城县、单县、郓城县、曹县、定陶县、巨野县、东明县、成武县和新设立的牡丹区（1区8县）。

2001年1月8日地级菏泽市正式挂牌成立。截至2002年12月31日，全市共有8个街道、108个镇、42个乡。