北京中医药大学有3个校区，分别是良乡校区、和平东桥校区(西校区)和望京校区(东校区)。

良乡校区：北京市房山区阳光南大街与白杨东路交叉口东北角。和平东桥校区(西校区)：北京市朝阳区北三环东路11号。望京校区(东校区)：北京市朝阳区中环南路6号。