肯定是有区别的，分以下几种不同：

1、包含内容不同

公路水运工程包括道路工程、桥梁隧道工程、交通工程、水运工程等。

2、施工章程不同

公路水运工程和水运工程均为交通基础设施工程，两者存在着巨大的差异。公路工程包括路基、路面、桥涵、隧道、交叉、交通工程及沿线设施、绿化及环境保护工程等，水运工程包括港口、喊道、防波堤（防沙堤）、护岸（海堤）、船闸（通航建筑物）、船坞等海岸、近海或内河工程。